1997年 公司创始人杜灵广先生在黄帝故里新郑龙湖征地数十亩，创建中原地区微生态研发中心及菌株发酵生产基地，注册成立郑州百合生物工程有限公司

1998年 由公司创始人杜灵广自主研发的复合微生态功能性益生菌产品“金双歧益生菌胶囊”、“金双歧益生菌颗粒”陆续研发成功并上市。

2004年 公司从新郑龙湖迁至郑州高新技术开发区，更名为郑州金百合生物工程有限公司，公司进入快速成长阶段。

2007年 由公司创始人杜灵广自主研发的一种全新的微生态方法防治妇科疾病的产品“妇阴洁抑菌剂”研发成功并上市。

2009年 公司创始人杜灵广创的“酪酸菌加嗜酸乳杆菌生产工艺”技术获 知识产权局发明证书

2012年 公司创始人杜灵广创的“一种利用生物活菌治疗阴道疾病的药物”技术获得 知识产权局发明证书。

            公司创始人杜灵广创的微生态“一种利用生物活菌治疗胃肠道疾病的药物”技术获得 知识产权局发明证书。

            公司新的医药保健食品GMP车间通过 ，获得保健食品GMP证书。

2013年 公司创始人杜灵广领衔创的“一种防治肠癌的复合益生菌的生产方法”技术获得 知识产权局发明证书。

2015年 由公司董事长杜灵广先生编著、由中国微生态学奠基人康白先生写序的微生态学领域科普专著《为菌正名》，由河南大学出版社正式出版发行.

2016年 经过8年的研发申报，公司新型微生态产品“百合牌益生菌胶囊”，获得 食品药品监督管理局保健食品生产批件。

             公司按照ＧＭＰ标准新建的益生菌保健食品车间通过河南省食品药品监督管理局验收，同时获得胶囊剂、颗粒剂、片剂三个剂型的保健食品生产许可证。

2017年 郑州金百合生物工程有限公司成功在中原股权交易所“新四板”挂牌上市，股票代码：202213。

2018年 “百合牌”荣获全国食品安全生产“中国安全食品（行业）十大消费者满意品牌”

2019年 “百合牌益生菌”荣获“2019益生菌消费十大影响力品牌”。

2020年 经河南省保健协会推举，董事长杜灵广先生获得“抗议先锋”的荣誉称号。

2021年 “百合牌益生菌”荣获河南省营养保健行业“创新产品”。

2022年 郑州金百合生物工程有限公司成为河南省创意产业协会副会长单位。